Pierwszą techniką sekwencjonowania była metoda Sangera i jej udoskonalenia. Metodę tą wykorzystuje się nadal, bo stała się tania i bardzo przystępna, chociaż ma kilka istotnych ograniczeń.
Obecnie bardzo szeroko i na całym świecie wykorzystuje się sekwencjonowanie nowej generacji. Dzięki temu znacząco obniżono koszty sekwencjonowania i czas.
 |
| Sekwencjonowanie nanoporowe i jego zastosowanie w biologii. A. Satyr, A. Żmieńko |
Jednak sekwencjonowanie genomu nie daje odpowiedzi na wszystkie pytania. Nasz organizm jest niezwykle złożony. Sekwencjonując genomy zdrowych osób napotykamy na patogenne warianty genetyczne związane z różnymi chorobami, a ludzie ci nie chorują. Nie znamy dokładnie mechanizmów, które powodują że wariant patogenny u jednej osoby nie daje objawów, a u drugiej daje. Muszą być jeszcze inne czynniki warunkujące wystąpienie objawów choroby. Jednym z nich jest epigenetyka, czyli wszystkie zmiany na sekwencji DNA, które regulują ekspresję naszych genów, o czym w sekwencji DNA nie wyczytamy.
Najczęściej badamy genomy osób chorych, szukając przyczyny i próbując połączyć chorobę z konkretnym genem. Bywa tak, że znajdujemy wariant opisywany w literaturze jako potencjalnie patogenny lub niejednoznacznie związany z chorobą. Wtedy można przeprowadzić tzw. segregację w rodzinie, czyli zbadać genomy rodziców pod kątem występowania danego wariantu. Jeśli zdrowi, bezobjawowi rodzice też mają tą zmianę w obu allelach genu (dwie kopie danego genu od każdego ze swoich rodziców), nie możemy połączyć jej z chorobą. Najbardziej pewną sytuacją połączenia występowania objawów choroby z genem jest przypadek, gdy zdrowym rodzicom, ale posiadającym zmianę w jednym allelu genu, rodzi się chore dziecko. Tak jest w przypadku rdzeniowego zaniku mięśni SMA. Choroba związana jest z genem SMN1. Utrata jednej kopii (jednego allelu genu) nie powoduje wystąpienia objawów, ale dwie kopie dają pełnoobjawową chorobę. Chore dziecko rodzi się tylko w przypadku, gdy od obojga rodziców- bezobjawowych nosicieli zmutowanego genu SMN1, odziedziczy wadliwą kopię (allele są przekazywane potomstwu losowo). Badania genetyczne par planujących potomstwo wydają się szczególnie wartościowe, szczególnie przy dodatkowych czynnikach ryzyka jak wiek pary, choroby w najbliższej i dalszej rodzinie.
Poza sekwencją genomu na to czy wyrażone zostaną objawy choroby wpływa bardzo wiele czynników. Duży wpływ ma środowisko. Dlatego przy dziedziczeniu niektórych wariantów mówimy o zwiększonym ryzyku wystąpienia choroby, np. nowotworu, chorób serca czy chorób neurodegeneracyjnych, ale sam wariant to za mało by dać chorobę. O takich chorobach, na których wystąpienie mają wpływ poza czynnikami genetycznymi, także czynniki środowiskowe, używki, relacje z innymi osobami.
Osobiście uważam, że warto zbadać swój genom, szczególnie pod kątem możliwości zachorowania na różne choroby w przyszłości, możliwości zastosowania różnych prewencyjnych działań, ale trzeba to zrobić z głową. Po pierwsze, jeśli w twojej rodzinie występuje jakaś choroba z pokolenia na pokolenie, to warto bardziej, szczególnie jeśli dysponujemy próbkami rodziców i dzieci (to też podwyższa koszty analizy). Jednak jest to nadal spory koszt. Dodatkowo nie dostaniemy zero-jedynkowej odpowiedzi czy zachorujemy w przyszłości na jakąś chorobę, np. choroby neurodegeneracyjne czy nowotwory- będzie to tylko i aż prawdopodobieństwo, czyli procentowo wyrażona wartość, mówiąca na ile dany wykryty u nas wariant genetyczny zwiększa ryzyko wystąpienia danej choroby u nas lub u naszego potomstwa, jeśli odziedziczy od nas ten wariant.
Chcąc się przebadać prywatnie warto zrobić dobre rozeznanie. Można wykonać takie badanie bardzo tanio (nawet za dwa- trzy tysiące złotych), jednak ten niski koszt nie bierze się znikąd. Jest wielkie ryzyko, że firma która przeprowadza sekwencjonowanie robi to nierzetelnie (tzn. dostaniemy wyniki niepełne, bez analizy albo będzie to analiza szczątkowa), a większym problemem jest to, że prawdopodobnie zarabia "na boku" sprzedając dane z sekwencjonowania. Chyba nie trudno domyślić się, że sprzedaż takich danych jest sporym potencjalnym zagrożeniem (chociaż na pewno demonizowanym, bo nasze dane wykorzystują portale społecznościowe, sprzęty AGD, czy nawet panele fotowoltaiczne, tu przy okazji polecam artykuł: https://molekularnie.wordpress.com/2022/02/02/radio-maryja-narodowe-genomy-i-szpiegowskie-odkurzacze/). Przy chęci zbadania genomu warto rozważyć czy wystarczy nam zrobić sekwencjonowanie poszczególnych kilku, kilkunastu lub kilkuset genów, najbardziej kluczowych, najlepiej powiązanych z chorobami (będzie to trochę tańsza opcja) czy przebadać wszystkie geny (ponad 20 tys.) mając z tyłu głowy, że może się okazać, że nie będziemy mieć wykrytego żadnego, konkretnego wariantu łączącego się z jakąkolwiek chorobą, zwiększającego prawdopodobieństwa jej wystąpienia. Warto sprawdzić osoby, które później zanalizują dane z sekwencjonowania. Potrzebny jest informatyk, bioinformatyk, genetyk, biotechnolog, biolog molekularny, którzy mają duże doświadczenie z taką analizą. Musimy także mieć świadomość że samo sekwencjonowanie i analiza zajmą kilka miesięcy. To nie jest coś co da się zrobić szybko. Ważne jest przedstawienie danych z sekwencjonowania. Duże panele genetyczne i sekwencjonowanie wszystkich genów da bardzo wiele wariantów potencjalnie patogennych i o nieznanej patogenności i o sprzecznych danych, którymi dysponujemy na tą chwilę, ale nie oznacza to, że w przyszłości nie będzie można połączyć danego wariantu z podwyższeniem ryzyka jakiejś choroby.
Z jednej strony możemy otrzymać z takiego sekwencjonowania wynik "negatywny"- brak wariantów połączonych z możliwością wystąpienia chorób (chociaż wydaje mi się przy obecnym stanie wiedzy to niemożliwe), ale musimy sobie także odpowiedzieć na pytanie czy jeśli zostanie wykryty u nas wariant patogenny, co możemy zrobić z taką informacją i jak ona wpłynie na naszą psychikę i komfort życia. Cenna wydaje się informacja dotycząca podwyższonego ryzyka chorób nowotworowych, można dzięki niej zwiększyć częstotliwość badań profilaktycznych czy zmienić styl życia, rzucić palenie, ograniczyć spożycie produktów przetworzonych czy zwiększyć aktywność fizyczną. Jednak warto takie działania także podjąć bez wykonania badań genetycznych.
Sekwencjonowanie swojego genomu to bardzo ważne i odważne przedsięwzięcie. Trzeba dobrze przemyśleć na jakie pytanie chcemy uzyskać odpowiedź, czy satysfakcjonuje nas odpowiedź wyrażona prawdopodobieństwem, czy ryzyko otrzymania wyniku z wariantami patogennymi nie spowoduje pogorszenia jakości życia, nie spotęguje strachu i stresu, i nie bez znaczenia jest znalezienie odpowiedniego, rzetelnego laboratorium (co wydaje się dość trudnym zadaniem).
https://postepybiochemii.ptbioch.edu.pl/index.php/PB/article/view/328
Komentarze
Prześlij komentarz